Открываем файл: /lib/tpl/dokuwiki/tpl_header.php

Находим функцию, которая отвечает за формирование ссылки и меняем wl() на DOKU_BASE.

DOKU_BASE — базовый URL инсталляции «ДокуВики».

Должно получиться так:

// display logo and wiki title in a link to the home page
tpl_link(
 DOKU_BASE, // Вот тут по-умолчаиню wl()
 '<img src="'.$logo.'" '.$logoSize[3].' alt="" /> <span>'.$conf['title'].'</span>',
 'accesskey="h" title="' . tpl_getLang('home') . ' [h]"'
);               

Сохраняем изменения и проверяем.